Управление здравоохранением Республики Беларусь состоит из двух основных уровней: центрального и местного.
Центральный уровень представлен республиканскими органами, местный - территориальными (областными, городскими, районными). На центральном (республиканском) уровне руководство здравоохранением осуществляют Президент Республики Беларусь, Совет Министров, парламент, а непосредственно вся работа ведется Министерством здравоохранения. Министр здравоохранения назначается Президентом Республики Беларусь. Свою работу он строит на принципах единоначалия и коллегиальности.
При министре здравоохранения функционирует коллегия. Это собрание наиболее авторитетных в здравоохранении и облеченных соответствующими должностными полномочиями лиц. На коллегию выносятся наиболее важные вопросы, стоящие перед здравоохранением и требующие коллективного решения.
Задачи, стоящие перед Министерством здравоохранения, определяют его структуру. С изменением задач может изменяться и структура. Основу Министерства составляют главные управления, каждое из которых отвечает за организацию, состояние работы по конкретному направлению. В составе управлений наряду с другими специалистами имеются главные специалисты (главные хирург, терапевт, педиатр, эпидемиолог и др. - всего около девяноста специалистов).
Местные органы руководства здравоохранением на областном уровне (в республике 6 областей) представлены главными управлениями по здравоохранению областных (Минского городского) исполнительных комитетов. Структура управлений, в известной мере, аналогична структуре Министерства здравоохранения. Состав подразделений, число сотрудников соответствуют объему выполняемых задач.
На районном (городском) уровне руководство представлено главным врачом учреждения здравоохранения (центральной районной больницы или центральной районной поликлиники). Главный врач в своей деятельности по управлению здравоохранением района или города опирается на своих заместителей, штатных и нештатных главных специалистов, заведующих отделениями ЦРБ.
На всех уровнях руководство здравоохранением имеет двойственное подчинение: по вертикали - вышестоящим медицинским органам, по горизонтали - местным органам исполнительной власти. Это позволяет эффективно использовать возможности последних при решении вопросов охраны здоровья населения конкретной территории.